串聯(lián)質(zhì)譜的優(yōu)點:   

所謂的串聯(lián)質(zhì)譜就是兩個或者更多的質(zhì)譜儀連接在一起，進行分析樣品的技術(shù)。兩個質(zhì)譜串聯(lián)而成的質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)是最簡單的，通常第一個質(zhì)量分析器（ms1）將離子預分離或加能量修飾，由第二級質(zhì)量分析器（ms2）分析結(jié)果。三級四極桿串聯(lián)質(zhì)譜是最常用的串聯(lián)質(zhì)譜，第一級和第三級四極桿分析器分別為ms1和ms2，第二級四極桿分析器所起作用是將從ms1得到的各個峰進行轟擊，實現(xiàn)母離子碎裂后進進ms2再行分析。

串聯(lián)質(zhì)譜能夠分析小分子，也可測試有些蛋白質(zhì)等生物大分子，還可以直接進行如中草藥等混合物成分的分析的儀器。   

隨著采用新技術(shù)的質(zhì)量分析器不斷推出，大大促進了串聯(lián)質(zhì)譜技術(shù)的發(fā)展，如四極桿-飛行時間串聯(lián)質(zhì)譜（q-tof）和飛行時間－飛行時間（tof-tof）串聯(lián)質(zhì)譜等。離子阱和傅里葉變換分析器可在不同時間順序?qū)崿F(xiàn)時間序列多級質(zhì)譜掃描功能。   

上風分析：

1.在混合物分析中的上風，ms/ms最基本的功能包括能說明ms1中的母離子和ms2中的子離子間的聯(lián)系。根據(jù)ms1和ms2的掃描模式，如子離子掃描、母離子掃描和中性碎片丟失掃描，可以查明不同質(zhì)量數(shù)離子間的關(guān)系。在質(zhì)譜與氣相色譜或液相色譜聯(lián)用時，即使色譜未能將物質(zhì)完全分離，也可以進行鑒定。ms/ms可從樣品中選擇母離子進行分析，而不受其他物質(zhì)干擾。   

2.在藥物分析中的上風，子離子掃描可獲得藥物主要成分，雜質(zhì)和其他物質(zhì)的母離子的定性信息，有助于未知物的鑒別，也可用于肽和蛋白質(zhì)氨基酸序列的鑒別。

3.在藥物代謝動力學研究中的上風，對生物復雜基質(zhì)中低濃度樣品進行定量分析，可用多反應監(jiān)測模式消除干擾。如分析藥物中某特定離子，而來自基質(zhì)中其他化合物的信號可能會掩蓋檢測信號，用ms1/ms2對特定離子的碎片進行選擇監(jiān)測可以消除干擾。mrm也可同時定量分析多個化合物。在藥物代謝研究中，為發(fā)現(xiàn)與代謝前物質(zhì)具有相同結(jié)構(gòu)特征的分子，使用中性碎片丟失掃描能找到所有丟失同種功能團的離子，如羧酸丟失中性二氧化碳。假如丟失的碎片是離子形式，則母離子掃描能找到所有丟失這種碎片的離子。  

串聯(lián)質(zhì)譜的缺點：

1.串聯(lián)質(zhì)譜結(jié)構(gòu)復雜，維護成本高。質(zhì)譜儀是高精密儀器，在實驗室使用時要經(jīng)過專門培訓的技術(shù)職員才能操縱質(zhì)譜儀。

2.串聯(lián)質(zhì)譜對環(huán)境的溫度、濕度等要求高。  

3.測試速度慢，而且功能復雜。影響分析工作的效率。